Hyouka bercerita tentang Oreki Houtarou, seorang cowok SMA yang dimintai tolong oleh kakak perempuannya Oreki Tomoe untuk masuk salah satu ekskul di sekolahnya, yaitu ekskul sastra klasik (Kotenbu). Tomoe mendengar bahwa kalau pada angkatannya Houtarou tidak ada siswa yang mengikuti kotenbu, maka ekskul itu akan dihilangkan. Sebagai mantan anggota kotenbu itu, Tomoe tidak ingin ekskul itu hilang, sehingga dimintalah Houtarou untuk mengikuti kotenbu. Dan Houtarou pun tidak dapat menolak permintaan tersebut karena kakaknya memiliki keahlian di aikido dan seni bela diri lainnya. Jadi, menolak sama saja dengan minta dihajar. Houtarou dan teman baiknya, Fukube Satoshi akhirnya mengikuti kotenbu setelah bertemu dengan Chitanda Eru, cewek yang ikut kotenbu dengan alasan pribadi. Dan anggota mereka bertambah setelah 1 bulan berjalan, yaitu Ibara Mayaka, cewek yang akhirnya ikut kotenbu karena ingin dekat dengan pujaan hatinya, Satoshi. Mereka bersama-sama memecahkan misteri-misteri yang ada di SMA Kamiyama!
