Setelah apa yang tampak seperti hari biasa, murid sekolah menengah Yoshio Kobayashi terbangun di kelasnya untuk membuat penemuan yang mengerikan: gurunya telah dimutilasi, dan Yoshio kebetulan memegang senjata yang digunakan untuk melakukan kejahatan tersebut.
Terlepas dari keterkejutan awal untuk menemukan dirinya dalam keadaan sulit ini, Yoshio yang penasaran dan terlepas tidak dapat menahan diam-diam untuk mencoba membingkainya. Sahabatnya Souji Hashiba berubah menjadi kaki tangan yang rela, dan bersama-sama, mereka bertekad untuk membuktikan bahwa Yoshio tidak bersalah. Selain itu, Kogorou Akechi, seorang detektif sekolah jenius, telah datang ke TKP untuk menyelidiki kasus ini dan saat Kogorou bertemu dengan orang muda tersebut yang terbukti bersalah, minat bersama yang kuat bercahaya di antara keduanya. Kobayashi ingin memasuki dunia pemecahan masalah Akechi sebagai asistennya, dan Akechi bertekad untuk melihat apakah anak laki-laki yang antusias menghadapi tantangan tersebut.
